אחרי שנפרד ממשרת המאמן הראשי בהפועל חיפה, חוצה כהן את הכביש וישמש כעוזר מאמן במכבי "Hunter" חיפה. אילן עמר סיים את עבודתו בקבוצה
מכבי "Hunter" חיפה הודיעה הבוקר (חמישי) על החתמתו של נתי כהן לתפקיד עוזר המאמן. הקבוצה שיחררה את אילן עמר מתפקידו כעוזר המאמן. כהן יעבוד תחת המאמן הראשי עופר רחימי ולצד עוזר המאמן תומר שטיינהאור.
כהן בן ה-44 החל את דרכו במחלקת הנוער של הפועל חולון, בה עבד קרוב לעשור ואף שימש כמאמן ראשי בבוגרים לתקופה קצרה. משם עבר לאימון במחלקות הנוער של בני הרצליה, הפועל כפר סבא והפועל גליל עליון, בה עבד חמש שנים מרשימות שכללו זכייה באליפות הליגה לנוער ואף קודם לעמדת עוזר המאמן בקבוצת הבוגרים. כמו כן זכה עם תיכון עמק החולה באליפות ליגת העל לבתי ספר.
בשנים האחרונות אימן את מכבי הוד השרון מהליגה הלאומית, מכבי פתח מהארצית ואליצור יבנה, לה עזר לתקוע יתד בצמרת הליגה הלאומית. את עונת 13/14 הוא פתח במכבי אשדוד, אבל למרות פתיחה מרשימה בדמות ניצחון חוץ על הפועל ירושלים, סיים את עבודתו כעבור מספר חודשים וחזר לאליצור יבנה. משם המשיך למכבי קריית גת, איתה עלה לליגת ווינר סל ואף עזר לה להישאר בליגה. כמו כן אימן במשך שלוש שנים את נבחרת הקדטים.
בקיץ האחרון הוא שימש כעוזרו של עודד קטש בנבחרת העתודה, בה כיכבו בין היתר שחקני חיפה רועי הובר ודניאל קופרברג, שזכתה במדליית כסף באליפות אירופה עד גיל 20. לאחרונה הוא הדריך את הפועל חיפה מהליגה הלאומית למשך שבעה משחקים.